Później pojawia się Crystal – dziewczyna, która ma pomóc w kompletowaniu Pokedexa. Wszyscy razem z Redem i Greenem z poprzedniej serii walczą z Zamaskowanym Mężczyzną, który w przeszłości porwał Blue i Silvera gdy byli jeszcze dziećmi. Seria Ruby/Sapphire – Ruby przeprowadza się do Hoenn gdzie chce wygrać wszystkie konkursy pokemon (Pokemon Contest), przez co wchodzi w konflikt z własnym ojcem, który jest liderem sali i nie rozumie zachwytu syna konkursami piękności. Ucieka z domu i spotyka Sapphire, córkę profesora Birtha, przyjaciela jego ojca. Wydarzenia opiewają wokół zakładu Ruby z Sapphire, walczą oni również z zespołami Magma i Aqua, jak i ratują świat przez zniszczeniem ze strony legendarnych Pokemonów Groudona i Kyogre Seria FireRed/LeafGreen – powrót do przygód Reda, Greena i Blue, wydarzenia mają miejsce na wyspie Sevii, Blue(Green) przypływa by spotkać się z rodzicami, niestety dziwna psychiczna siła sprawiła, że jej rodzice zniknęli na jej oczach. Red i Green(Blue) widząc jej zdruzgotanie postanawiają pomóc rozwiązać zagadkę tajemniczej psychicznej siły Seria Emerald – opowiada o chłopcu imieniem Emerald, który chce wygrać wszystkie wieże w Battle Frontier, ale przede wszystkim ma za zadanie złapać Pokemona snów Jirachi.