Cerkiew murowana mały|Elewacja budynku mały|Widok od północy W latach 1904–1907 na potrzeby parafii w Zabłociu powstała nowa murowana świątynia. Autorem jej projektu był eparchialny architekt Władimir Pokrowski, zaś poświęcenia gotowego budynku dokonał 16 sierpnia 1907 biskup chełmski Eulogiusz. Budynek został wzniesiony z funduszy prywatnych darczyńców (rosyjskich kupców) oraz ze składek wiernych, zaś pomysłodawcą jego budowy był proboszcz parafii zabłockiej ks. Kucharenko. Niektóre źródła podają, że przed budową murowanej świątyni starsza, drewniana, uległa zniszczeniu. Bezpośrednio przed I wojną światową cerkiew w Zabłociu była siedzibą najliczniejszej parafii wiejskiej w eparchii chełmskiej, ustępującej liczbą wiernych jedynie parafiom miejskim w Chełmie i Lublinie. Należało do niej 7 tys. rodzin.
W 1915, gdy prawosławni mieszkańcy Zabłocia w większości udali się na bieżeństwo, cerkiew w Zabłociu została zamknięta. Była otwierana dla celów kultowych jedynie okazjonalnie, gdy do wsi przybywali mnisi z monasteru św. Onufrego w Jabłecznej w celu sprawowania nabożeństw dla pojedynczych rodzin, które nie wyjechały na wschód.