Po śmierci Grzegorza VII, w 1085 roku podczas synodu w Quedlinburgu, Benon poparł anatemę wobec antypapieża Klemensa III, za co synod moguncki (popierający cesarza) zdjął go z urzędu. W 1088 roku ponownie objął swą diecezję, przywrócił w niej karność kościelną i uzdrowił administrację.
Ponieważ rozwinął działalność misyjną pośród plemion zamieszkujących na wschód od Łaby przyjęło się by nazwać Świętego Benona apostołem Wendów.
Zmarł w 1106 roku. Jego grób został zniszczony w czasie, gdy Saksonia przeszła na protestantyzm.
Kult Relikwie Benona zostały przeniesione do Monachium, gdzie znajdują się do dzisiejszego dnia.
Benon z Miśni został kanonizowany 13 maja 1523 przez papieża Hadriana VIpoczet papieży. Fakt ten skłonił Martina Lutra do napisania pamfletu przeciw kultowi świętych.
Wspomnienie liturgiczne obchodzone jest w Kościele katolickim 16 czerwca.
Święty Benon jest patronem Miśni, Monachium i Bawarii. W Polsce również otoczony jest kultem, szczególnie w archidiecezji poznańskiej. Jest patronem m.in.