Po roku 1992 i reorganizacji struktury Kościoła katolickiego w Polsce, parafia została przydzielona do dekanatu Gniezno I. Parafia była w posiadaniu ziemi pod budowę kościoła i plebanii. Na zlecenie proboszcza została wykonana makieta i plany budowy. Dwukrotnie projekt nie został zaakceptowany przez Kurię Metropolitalną.
Lata 1997–2003 W 1997 roku nastąpiła zmiana proboszcza – miejsce ks. Lewicza zajął ks. Witold Dusiński. Opuścił on jednak parafię po kilku miesiącach. Nowym proboszczem został ks. Sławomir Jessa. Otrzymał on także od abpa Muszyńskiego zadania kapelana Wojewódzkiego Szpitala dla Nerwowo i Psychicznie Chorych Dziekanka w Gnieźnie. Rozpoczął remont kościoła parafialnego, którym od założenia parafii do 2010 roku był kościół bł. Michała Kozala w Gnieźnie. Ksiądz Jessa rozpoczął dialog ze Wspólnotą Kościoła Ewangelickiego-Augsburskiego, która korzystała z kościoła parafialnego. Parafianie i ewangelicy pod koniec lat 90. wspólnie ufundowali remont wieży kościoła. Proboszcz wymienił również oświetlenie, konfesjonały, dokonał remontu południowej zakrystii (od strony szpitala). Po kilku latach posługi w parafii proboszcz otrzymał tytuł wicedziekana dekanatu. Od 2000 roku zaczęły powstawać kolejne grupy w parafii.