Oddziały WOP, które nie odgrywały takiej roli, pozbawione były właściwego wsparcia organizacyjnego okręgów wojskowych. Wsparcie to mogło nastąpić dopiero w drugiej kolejności, po zaspokojeniu najpilniejszych potrzeb oddziałów WOP mających objąć zachodnią i południową granicę państwa.
Zgodnie z wydanym rozkazem prace związane z organizacją 4., 5., 6. i 7. Oddziału WOP miały być zakończone do 15 grudnia 1945. Jednak rozliczne trudności związane przede wszystkim z niedoborem kadry oficerskiej i podoficerskiej, a także z brakiem wyposażenia uniemożliwiły zakończenie prac nad organizacją tych oddziałów w nakazanym terminie. Prace związane z ich organizacją przeciągnęły się do połowy 1946, świadczy o tym m.in. wystąpienie ND WP marsz. Michała Roli-Żymierskiego na odprawie dowódców okręgów wojskowych w dniu 14 maja 1946 gdzie stwierdził „[…] Okres organizacyjny WOP nie jest ukończony, stąd podporządkowanie oddziałów WOP dowódcom okręgów wojskowych”. Natomiast proces przejmowania odcinków granicznych trwał jeszcze dłużej, przeciągając się do października 1946.
Na podstawie rozkazu Nr 0153/Org. Naczelnego Dowódcy WP z dnia 21 września 1946 jednostka została przeformowana. Na jej bazie powstał 5 Mazurski Oddział Wojsk Ochrony Pogranicza.