Jest kierownikiem Katedry Teologii Biblijnej Nowego Testamentu w Instytucie Nauk Biblijnych Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. W latach 2008–2016 pełnił funkcję dyrektora tegoż instytutu. Redaguje kwartalnik homiletyczny „Współczesna Ambona” (Kielce) oraz półrocznik biblijno-teologiczny „Verbum Vitae” (KUL). Jest przewodniczącym Dzieła Biblijnego im. Jana Pawła II (od 2005) oraz przewodniczącym Stowarzyszenia Biblistów Polskich (2013–2023).

W latach 1988–1992 pełnił funkcję redaktora naczelnego „Znaków Czasu”, a w latach 1991–1995 założyciel i dyrektor Świętokrzyskiego Radia „Jedność” oraz założyciel i dyrektor Wydawnictwa „Jedność” w Kielcach. W 2013 objął funkcję prezesa Fundacji DABAR – Dialog Kultur i Religii Pogranicza Polski, Ukrainy i Słowacji.

31 stycznia 2009 papież Benedykt XVI mianował ks. Henryka Witczyka członkiem Papieskiej Komisji Biblijnej.

Jego prace naukowe poświęcone są zwłaszcza psalmom, teologii biblijnej i tradycji Janowej.

Został również publicystą Radia Maryja.