Po powrocie do kraju w styczniu 1948 objął stanowisko szefa sztabu generalnego armii albańskiej, zastępując Spiro Moisiu. Był uważany za oficera wspieranego przez Belgrad, ale mimo to po zerwaniu Albanii z Jugosławią zachował swoje stanowisko.
Oprócz kierowania resortem obrony był także deputowanym do parlamentu (alb. Kuvendi Popullor) i od 1948 członkiem Biura Politycznego Albańskiej Partii Pracy.
W 1952 stanął na czele resortu obrony, awansując do stopnia generała pułkownika. W historii Albanii był swoistym rekordzistą stojąc na czele tego resortu nieprzerwanie przez okres 21 lat. Odegrał bardzo istotną rolę w wydarzeniach kwietnia 1956, kiedy to na konferencji stołecznej organizacji partyjnej podjęto działania skierowane przeciwko Enverovi Hodży. Balluku zawiadomił o zagrożeniu wypoczywającego wówczas nad morzem dyktatora, dzięki czemu ten wrócił do Tirany i rozprawił się z oponentami.