Nazistowskie Niemcy początkowo nie popierały koncepcji niezależnej Chorwacji i nie wspierały ustaszy. Hitler podkreślał, że chciał „silnej i zjednoczonej Jugosławii”. Nazistowscy dygnitarze w tym Hermann Göring chcieli, aby Jugosławia była stabilna, a w czasie wojny oficjalnie neutralna. Miało to zapewnić Niemcom bezpieczny import jugosłowiańskich surowcówMartin L. Van Creveld. Hitler’s Strategy 1940–1941: The Balkan Clue. 2nd edition. London, England, UK; New York, New York, USA: Cambridge University Press, 1974. s. 7–8.. Część nazistów w czasie wojny, w tym Heinrich Himmler, miała ustaszom za złe to, że między III Rzeszą a NDH nie było pełnej zgodności co do eksterminacji Żydów. Ustasze oszczędzali bowiem Żydów nawróconych na katolicyzm, uznając ich za „honorowych Chorwatów”, a tym samym odstępując od ich prześladowańFischer, Bernd J., ed. (2007). Balkan Strongmen: Dictators and Authoritarian Rulers of South-Eastern Europe. Purdue University Press. . s. 226..