Czasy współczesne 4 listopada 1946 arcybiskupem mianowany został Josef Beran. Odmówił on poddania Kościoła komunistycznej władzy oraz ekskomunikował ks. Josefa Plojhara, który zdradził Kościół zostając jedną ważniejszych osób w aparacie partyjnym. Mimo licznych nacisków władz arcybiskup nie odwołał ekskomuniki. W 1949 abp Beran ponownie został uwięziony (był więziony w czasie wojny przez gestapo), tym razem przez władze komunistyczne; do 1963 był przetrzymywany w więzieniach w Mukarovie (koło Pragi) i Radvanovie. Lata 1963–1965 spędził na wolności, ale uniemożliwiono mu wykonywanie obowiązków biskupich. W lutym 1965 zezwolono mu na wyjazd do Rzymu po odbiór nominacji kardynalskiej, lecz nie pozwolono mu powrócić do kraju. Resztę życia spędził w Rzymie, gdzie zmarł.
Kolejny arcybiskup, mianowany 30 grudnia 1977, František Tomášek również okazał się nieugięty wobec władzy komunistycznej. Popadł w konflikty z władzami walcząc przeciwko komunistycznej interwencji w życie Kościoła i obronie wolności wyznania. W 1978 wziął udział w konklawe, które wybrało nowego papieża Jana Pawła II. Był jednym z dwóch kardynałów (obok kard. Stefana Wyszyńskiego), któremu Jan Paweł II nie zezwolił uklęknąć przez sobą podczas swojego ingresu. Poparł aksamitną rewolucję, choć wcześniej odmówił podpisania Karty 77.