Brands, w swej biografii Andrew Jacksona pisze, że Frémont był dzieckiem Anny i Charlesa Fremon, a akcent nad „e” i „t” na końcu Frémont dodał już jako człowiek dorosły. Z kolei Andre Rolle w książce „John Charles Frémont: Character as Destiny” twierdzi, że Louis-René Frémont zmienił nazwisko na Charles Fremon lub Frémon po przybyciu do Wirginii, gdzie poznał i ożenił się z Anną. Wiele źródeł podaje, że John C. Frémont był nieślubnym dzieckiem i że zdobył życiową pozycję żeniąc się w roku 1841 z Jessie Benton, ukochaną córką wpływowego senatora z Missouri, Thomasa Harta Bentona (1782–1858).
Studiował nauki ścisłe w szkole wyższej w Charleston, ale został z niej relegowany w roku 1831 z powodu jakiejś przygody miłosnejWaldman, Wexler, s. 234., po czym (w 1833, dzięki poparciu Joela Poinsetta, przyszłego sekretarza wojnyViola, s. 62.) otrzymał posadę nauczyciela matematyki na pokładzie slupa szkolnego USS „Natchez”, a w roku 1836 wziął udział w pracach pomiarowych projektowanej linii kolejowej Charleston-Cincinnati. W lipcu roku 1838 otrzymał awans na porucznika Korpusu Inżynieryjnego i zadanie poprowadzenia wyprawy mierniczej przez zachodnie obszary USA i nawet poza ich granice.