Jednym z najwybitniejszych czeskich biskupów był czwarty biskup Czeskich Budziejowic Jan Valerián Jirsík. Dbał o swoją diecezje. Każdą parafie w swoim biskupstwie odwiedził przynajmniej trzy razy. Znany jest z promowania idei utworzenia pełnego czeskojęzycznego szkolnictwa. Doprowadził do powstania do dziś istniejącej szkoły, która obecnie nazywa się Gimnazjum Jana Waleriana Jirsíka. Naraził się tym samym budziejowickim Niemcom. Ta nienawiść trwała aż do II wojny światowej. Jedną z pierwszych rzeczy, które Niemcy zrobili po zajęciu Czeskich Budziejowic była rozbiórka pomników biskupa i zmiana nazwy szkoły nazwanej jego imieniem.
Ósmy biskup Šimon Bárta został mianowany w 1920. Była to pierwsza nominacja biskupa budziejowickiego dokonana wyłącznie przez papieża (do tej pory jedynie zatwierdzał on kandydatów wyznaczonych przez monarchę).
Po śmierci bp. Bárty w 1940 na nowego biskupa został wybrany Czech Antonín Eltschkner. Spotkało się to z ostrą reakcją władz hitlerowskiego Protektoratu Czech i Moraw, które chciały powołania biskupa obywatelstwa niemieckiego. Stolica Apostolska w końcu zdecydowała się nie publikować mianowania Eltschknera, ponieważ było jasne, że nie będzie mógł objąć biskupstwa, lecz także nie powołała innego kandydata.