14 lutego 2009 somalijski parlament w Dżibuti zatwierdził Sharmarke na stanowisku premiera. Otrzymał on poparcie 414 deputowanych przy 9 głosach przeciwnych jego kandydaturze. 21 lutego 2010 premier mianował 36 ministrów swojego gabinetu. W jego szeregach znaleźli się byli przedstawiciele opozycji oraz reprezentanci różnych somalijskich grup etnicznych, w tym 3 kobiety. Następnego dnia gabinet uzyskał wotum zaufania od parlamentu i został oficjalnie zaprzysiężony.
W październiku 2009 premier zadeklarował podjęcie przez jego rząd działań mających na celu eliminację piractwa z somalijskiego wybrzeża w ciągu 2 lat.
W maju 2010, równocześnie ze wznowieniem ofensywy przez islamskich bojowników i podjęciem ataku na Mogadiszu, doszło do kryzysu politycznego w strukturach somalijskich władz. Przewodniczący parlamentu Adan Mohamed Nuur Madobe zażądał zdymisjonowania gabinetu premiera Sharmarke, zarzucając mu korupcję i nieefektywne działanie. 16 maja 2010 został jednak pozbawiony stanowiska przewodniczącego izby przez większość parlamentarną. Głos w sprawie zabrał wówczas prezydent Sharif Sheikh Ahmed, który również wyraził zamiar zdymisjonowania gabinetu i powołania w jego miejsce nowego.