Jako poseł wziął udział w kilku Sejmach Rzeszy, gdzie został dostrzeżony przez cesarza Maksymiliana I. Został doradcą cesarza Maksymiliana I, a później jego następcy, cesarza Karola V. W 1497 roku, dzięki wstawiennictwu cesarza Maksymiliana, został miejskim pisarzem (niem. Stadtschreiber) w Augsburgu, które to stanowisko piastował do 1534 r. W 1498 r. zawarł małżeństwo z Margaretą Welser, pochodzącą z bogatego rodu kupców augsburskich. Dzięki poparciu kolejnego cesarza, Karola V utrzymał stanowisko pisarza miejskiego po 1519 r. W 1515 roku nabył istniejącą do dziś posiadłość miejską, tzw. Peutingerhaus. W 1538 roku Peutinger został przyjęty do patrycjatu miejskiego w Augsburgu, a w 1547 roku cesarz Karol V nadał mu dziedziczny tytuł szlachecki.
Był jednym z pierwszych antykwariuszy, którzy zaczęli publikować zabytki piśmiennictwa rzymskiego. Dzięki niemu wydano słynne dzieło Tabula Peutingeriana, mapę dróg wojskowych spoza zachodnich rubieży Cesarstwa rzymskiego. Mapa została odkryta przez Konrada Celtesa, który przekazał ją Peutingerowi do kolekcji. Mapę wydano w 1591 roku w Antwerpii u drukarza Johanna Moretusa.