Z Bend Deschutes płynie na północ, mijając miejscowość Redmond. Przepływając przez pustynne regiony środkowego Oregon rzeka drąży kanion. Gdy osiąga jezioro Billy Chinook na zachód od Madras, lustro wody znajduje się około 100 m poniżej otaczającego rzekę terenu. W jeziorze Billy Chinook (sztuczny zbiornik uformowany przez zaporę Butte) Deschutes zasilają rzeki Crooked i Metolius.
Za zaporą rzeka nadal płynie na północ kanionem znacznie poniżej otaczającego ją terenu. Przepływa przez Rezerwat Indiański Warm Springs i jego centrum administracyjne Warm Springs oraz ośrodek wypoczynkowy Kah-Nee-Ta. Rzeka kończy bieg wpadając do rzeki Kolumbia 8 km na południowy zachód od miejscowości Biggs Junction.
Historia Francuscy traperzy, którzy pierwsi eksplorowali te tereny, nadali rzece nazwę Riviere des Chutes lub Riviere aux Chutes, co w języku francuskim oznaczało Rzekę wodospadów. Wodospadem, do którego nawiązywała nazwa, był wodospad Celilo Falls na rzece Kolumbia, w pobliżu ujścia Deschutes (ten wodospad dzisiaj nie istnieje, przykryty wodami jeziora zaporowego Dalles).