Natomiast zajmując szóstą lokatę w rozgrywkach ligowych portugalski bramkarz razem ze swoim klubem wywalczył awans do Pucharu UEFA.
Po zakończeniu sezonu Eduardo powrócił do Sportingu Braga. Zadebiutował w nim 23 sierpnia podczas zwycięskiego 2:0 pojedynku ligowego z Paços de Ferreira. Portugalczyk wygrał rywalizację o miejsce w pierwszym składzie Bragi z Mário Felgueirasem oraz Pawłem Kieszkiem i był podstawowym bramkarzem swojej drużyny.
Latem 2010 Eduardo przeszedł do włoskiej Genoi, do której sprowadzono go w miejsce Marco Amelii. W Serie A zadebiutował 28 sierpnia podczas wygranego 1:0 wyjazdowego meczu z Udinese Calcio. W 2011 roku został wypożyczony do Benfiki.
25 lipca 2020 zakończył sportową karierę.
Kariera reprezentacyjna W 2008 Eduardo został powołany przez Carlosa Queiroza do kadry reprezentacji Portugalii na mecze eliminacji do Mistrzostw Świata 2010 przeciwko Malcie i Danii. W obu tych spotkaniach wychowanek Sportingu Braga pełnił jednak rolę zmiennika dla Quima. W zespole narodowej zadebiutował 11 lutego 2009 w wygranym 1:0 towarzyskim pojedynku z Finlandią. Od tego czasu stał się podstawowym bramkarzem reprezentacji. W 2010 Carlos Queiróz powołał go do kadry na Mistrzostwa Świata w RPA, gdzie Eduardo był podstawowym bramkarzem we wszystkich meczach reprezentacji.