Po zakończeniu wojny, następcą Allisona został Tom Whittaker. Arsenal w sezonach 1947/1948 i 1952/1953 ponownie został mistrzem Anglii, a w 1950 roku wygrał rozgrywki o puchar kraju. Po tych sukcesach forma zespołu spadła i klub w latach 50. i 60. nie osiągał już sukcesów. W 1962 roku zatrudniono byłego kapitana reprezentacji Anglii, Billy’ego Wrighta, jednak nie poprawił on sytuacji klubu.
W 1966 roku trenerem Arsenalu został były fizjoterapeuta klubu, Bertie Mee. Po dwóch niewygranych finałach Pucharu Ligi, zespół w sezonie 1969/1970 zdobył Puchar Miast Targowych, swoje pierwsze europejskie trofeum. Rok później Arsenal zdobył dublet – został mistrzem Anglii oraz zdobył Puchar Anglii. Później klub nie osiągał już sukcesów, mimo że był ich bardzo blisko. W sezonie 1972/1973 został wicemistrzem Anglii, a w 1972, 1978 i 1980 roku doszedł do finału Pucharu Anglii, którego nie zdołał wygrać. W sezonie 1979/1980 grał również w finale Pucharu Zdobywców Pucharów, który przegrał po serii rzutów karnych. Jedynym osiągnięciem w tym czasie było zdobycie pucharu kraju w 1979 roku po zwycięstwie w końcówce meczu z Manchesterem United.