Kodyfikacja nomenklatury botanicznej ma na celu uporządkowanie nazewnictwa, także poprzez usunięcie z użycia nazw mogących wprowadzać w błąd i wprowadzenie formalnych warunków ograniczających dowolne tworzenie nazw naukowych. Dodatkowo częścią zasad nomenklatorycznych jest zbiór szczegółowych ustaleń gramatycznych, redakcyjnych i stylistycznych.
Problemem w osiągnięciu celu stawianego nazwom naukowym (przejrzyste i jednoznaczne nazewnictwo przedstawicieli świata żywego) jest dynamiczny rozwój systematyki i różnice w ujęciach systematycznych tych samych taksonów. Niektóre nazwy naukowe zachowują stałe znaczenie (np. rodziny Equisetaceae lub Magnoliaceae), podczas gdy zakres innych zależy od określonego ujęcia systematycznego. Przykładowo rodzina ślazowate Malvaceae w dawniejszych systemach z XX wieku obejmowała około tysiąca gatunków, podczas gdy obecnie (APweb) zalicza się do niej ponad 4,2 tys. gatunków.