W 1987 roku ponownie, jak przed dwoma laty, mimo dobrych wyników, nie obronił tytułu. Wygrał w tym czasie pięć rund, zostając sklasyfikowanym na 3. pozycji. Przedostatni sezon z Yamahą to ponowne odzyskanie tytułu przez Amerykanina. Był to najlepszy sezon w jego wykonaniu (dwanaście podiów, w tym siedem zwycięstw z dorobkiem rekordowych 252 punktów). Po sześciu latach spędzonych w Yamasze przeszedł do ekipy Honda, gdzie niespodziewanie obronił tytuł. Był pierwszym, któremu udało się obronić najwyższy laur, będąc już w innym teamie (drugim taki jest Valentino Rossi). Po roku spędzonym w Hondzie nieoczekiwanie znowu powrócił do swojego dawnego zespołu. Sztuka ta po raz drugi się już nie powiodła i Eddie zajął dopiero 7. pozycję w klasyfikacji generalnej z zaledwie sześcioma podiami (powodem tego stanu rzeczy była jednak wyraźnie słabsza forma japońskiego zespołu).
Ostatnie dwa lata w MotoGP spędził w mało konkurencyjnym teamie Cagiva. Wygrał tam swoje ostatnie GP, które zorganizowano na Węgrzech oraz dodatkowo stanął jeszcze dwukrotnie na podium. Został sklasyfikowany odpowiednio na 6. i 9. lokacie. Jego ostatnią rundą, było ponownie, jak w debiucie, Południowa Afryka. Po tym sezonie odszedł z MŚ.