W tym samym roku opublikował wyniki swych badań, a nowy gatunek odkrytych przez siebie bakterii nazwał Bacillus dysenteriae. W roku 1930 w podręczniku Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology po raz pierwszy użyto nazwy Shigella na określenie rodzaju bakterii odkrytych przez Shigę, upamiętniając tym samym jego nazwisko. Po odkryciu bakterii Shiga rozpoczął, nieuwieńczone sukcesem, prace nad stworzeniem szczepionki przeciw dyzenterii – prototypową szczepionkę wypróbował sam na sobie.
W latach 1901–1905 pracował u Paula Ehrlicha w Instytucie Leczenia Doświadczalnego () we Frankfurcie, prowadząc badania nad możliwością stosowania chemioterapii w leczeniu zakażeń, w tym trypanosomozy.
Po powrocie w roku 1905 do Japonii ponownie podjął pracę w Instytucie Chorób Zakaźnych. W roku 1906 wystąpił z wykładem na temat epidemii szigelozy na I Kongresie Azjatyckiej Medycyny Tropikalnej w Manili. W Instytucie pracował do roku 1914, kiedy to na znak protestu przeciw wprowadzanym przez japoński rząd zmianom z niego odszedł, w ślad za profesorem Kitasato.