Zdaniem Grzegorza Motyki w Janowej Dolinie nie było wówczas polskiej policji a jej rzekoma obecność jest wykorzystywana do usprawiedliwiania ataku na Polaków.

Od 1941 w miejscowości istniała zakonspirowana komórka ZWZ-AK pod dowództwem por. Stanisława Pawłowskiego ps. "Cuchaj", od sierpnia 1942 uzbrojona w kilkanaście karabinów oraz kilka pistoletów. Ponadto broń palną posiadało kilkunastu Polaków, których Niemcy uzbroili w kwietniu 1943 wobec doniesień o nadchodzącym ataku, oraz ochrona magazynów kopalni, w której także pracowali Polacy. W Janowej Dolinie nie utworzyła się placówka polskiej samoobrony w obawie przed represjami ze strony Niemców; ponadto liczono, że w razie ataku UPA Polacy zostaną obronieni przez załogę garnizonu.

.

Główny atak na Janową Dolinę poprzedziło spalenie mostu na rzece Horyń łączącego ją ze Złaźnem oraz zablokowanie toru kolejowego do Kostopola (wcześniej ostrzelano jadący od jego strony pociąg osobowy).