Mark Snow wyznał także, że do wykorzystania szybkiej perkusji występującej w niektórych ścieżkach zainspirowany został przez utwór „Prospectors Quartet” ze ścieżki dźwiękowej do filmu „Aż poleje się krew” (ang. There Will Be Blood).
Czołówka serialu Odcinek pilotowy nie posiada czołówki, a jedynie ukazane jest logo serialu. Oryginalna czołówka została wykonana w 1993 roku dla pierwszego sezonu „Z Archiwum X” i nie została zmieniona w całej serii dopóty, dopóki David Duchovny w roli głównego bohatera nie opuścił serialu w sezonie siódmym. Kiedy tworzono napisy początkowe, Chris Carter znalazł operatora, którego twarz rozciągnięto w sekwencji otwierającej. To prawdopodobnie jedna z najlepiej znanych części czołówki. Jak ujął to Rabwin, „muzyka i efekty specjalne tworzą coś, czego przedtem jeszcze nigdy nie widziano w telewizji”.
Istnieje różnica pomiędzy wersją audio piosenki tytułowej w sezonach 1-2, a 3-8, 10-11. W drugiej wersji motyw muzyczny został odświeżony i posiada więcej dźwięków emitujących „echo”. Również od trzeciego sezonu w niektórych odcinkach została użyta skrócona 30 sekundowa wersja czołówki, krótsza od dłuższej o 15 sekund.