Następnie, 20 grudnia 1989 w miejsce MOŚiZN oraz Ministerstwa Rolnictwa, Leśnictwa i Gospodarki Żywnościowej utworzono od 1 stycznia 1990 Ministerstwo Rolnictwa i Gospodarki Żywnościowej oraz Ministerstwo Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa...
10 listopada 1999 weszło w życie rozporządzenie Rady Ministrów z 26 października 1999, na mocy którego zmieniono nazwę resortu na Ministerstwo Środowiska.
Przed 1985 leśnictwem zajmowały się Ministerstwo Lasów (1945–1947), Ministerstwo Leśnictwa (1947–1956) oraz Ministerstwo Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego (1956–1985). Ponadto w latach 1957–1960 istniało Ministerstwo Żeglugi i Gospodarki Wodnej.
W kwietniu 2013, po uchybieniach przy podpisywaniu przez EuRoPol Gaz z Gazpromem memorandum dotyczącego budowy gazociągu Jamał-Europa, rozważano utworzenie Ministerstwa Energetyki i Środowiska, lecz ostatecznie ograniczono się do powołania rządowego zespołu koordynującego politykę energetyczną.