Na początku 1930 r. wraz z Franzem Böhmem i Hansem Grossmannem-Doerthem założył tzw. szkołę fryburską w ekonomii. Po tym jak w 1933 r. rektorem we Fryburgu został Martin Heidegger i wprowadzono tam porządki nazistowskie, Eucken przyjął stanowisko otwarte. Eucken, był – jak stwierdził historyk Bernd Martin – właściwie przeciwnikiem Martina Heideggera. Doszło do tego, że już w 1936 r. nazistowscy studenci zażądali usunięcia, a nawet zabicia Waltera Euckena i jego przyjaciół. Z pewnością zagrożona była jego żona oraz jej rodzina, z powodu żydowskiego pochodzenia. Mimo to Eucken prowadził wykłady o wolności myślenia, zatytułowane Der Kampf der Wissenschaft („Wojna nauki”). Gestapo wielokrotnie go przesłuchiwało, ale nie został aresztowany. Za to w areszcie znalazło się troje jego przyjaciół z „Kręgu z Krzyżowej”. Byli to: ekonomiści Adolf Lampe i Constantin von Dietze, jak również historyk Gerhard Ritter. Po upadku III Rzeszy Eucken odniósł swoje własne prywatne zwycięstwo. Jego koncepcje polityczno-gospodarcze zostały wykorzystane do budowy demokracji i zastąpienia gospodarki planowej. Eucken doradzał okupacyjnym rządom francuskiemu i amerykańskiemu oraz pierwszemu rządowi RFN.