Regencję powierzono Michałowi Paleologowi, który na przełomie 1258 i 1259 roku został ogłoszony współcesarzem.
Twórczość Teodor II pozostawił po sobie pracę O jedności przyrody, cytowaną zwykle pod łacińskim tytułem De communione naturali, w której wykazywał jedność przyrody pomimo panujących w niej sprzeczności i przeciwieństw. Głównym dziełem Laskarysa jest jednak Teologia chrześcijańska (Christianiké teología) w 8 księgach, traktująca o Bogu, Trójcy Świętej i pochodzeniu Ducha Świętego. Na przemyśleniach zawartych w tym dziele oparł Teodor Laskarys swą polemiczną rozprawę O pochodzeniu Ducha Świętego (Peri aporeúmatos tu hagiu pneúmatos) skierowaną przeciw Łacinnikom. Teodor II napisał też szereg homilii i mów, między innymi: Na Zwiastowanie, Na Kosmę i Damiana, pism o treści ascetycznej, modlitw i kanonów.