Jej damy dworu zostały odesłane do Niderlandów, a młoda królowa nie znając jeszcze duńskiego czuła się wyobcowana w nowym środowisku. Ponadto musiała pogodzić się z faktem posiadania przez męża kochanki Dyveke, której król nie odstępował do jej śmierci w 1517, pomimo nacisków ze strony potężnych Habsburgów. Mimo tego Izabela była lojalną żoną i królową wspierającą swego męża do samego końca. Jako motto swego życia wybrała: Ubi rex meus, ibi regna mea (Gdzie mój król tam i moje królestwo)Kay Nielsen, Ib Askholm: Danmarks kongelige familier i 1000 år, 2007, s. 59..
Królowa towarzyszyła mężowi w licznych podróżach, a po jego detronizacji w 1523 udała się z nim na wygnanie, początkowo do Brandenburgii, później do Niderlandów, gdzie zmarła w wieku 25 lat. Do śmierci próbowała zdobyć poparcie zagranicy dla sprawy odzyskania tronu duńskiego przez swojego męża, m.in. na sejmie Rzeszy w Norymberdze w 1524 r., ale bez skutku. Istnieje przypuszczenie, że królowa przeszła na Luteranizm, ponieważ w poufnym liście jej męża do Marcina Lutra, król zwierzał się, że królowa na łożu śmierci przyjęła Komunię pod obiema postaciamiDanske dronninger i tusind år, praca zbiorowa, Kopenhaga 2000, s. 44.. Również przed śmiercią królowa podyktowała list, w którym prosiła swoją ciotkę Małgorzatę o zaprzestanie prześladowania luteran w Niderlandach.