Małżeństwo to, co nie było niczym wyjątkowym w tamtych czasach, było aranżowane i oparte na rachubach dynastyczno-politycznych. Mimo tego i mimo różnicy wieku dzielącej małżonków pożycie tej pary było szczęśliwe. Królowa często towarzyszyła mężowi w licznych podróżach po kraju i oddawała się głównie życiu rodzinnemu. Król, kiedy podpisywał się FS, twierdził, że nie oznacza to Fredericus Secundus, lecz Fredericus & SophiaPalle Lauring: Danske konger og dronninger, Aschehoug 2005, s. 318..
Regencja Do śmierci męża Zofia nie odgrywała większej roli w życiu publicznym. Po jego odejściu przejęła regencję krajem w imieniu małoletniego syna Chrystiana IV. Postarała się o niemieckich nauczycieli dla młodego króla i za jej przyczyną doszło do wszechobecności niemczyzny na dworze, czemu niechętni byli reprezentanci rady regencyjnej współrządzącej z królową. Zofia bardzo zręcznie lawirowała finansami państwa, odciągając z nich co się dało do kiesy królewskiej. Panoszenie się królowej doprowadziło do napiętych stosunków między nią z jednej strony a synem i radą regencyjną z drugiej. Z radą regencyjną była w stanie ciągłej wojny. Po osiągnięciu pełnoletniości Chrystian IV nakazał matce opuszczenie dworu i osiedlenie się w jej własnym zamku w Nykøbingu na południu Danii.