Ocena ryzyka Kodeks ISPS opiera się na zasadzie, że działania zabezpieczające powinny być adekwatne do ryzyka, jakim dla statku i otoczenia byłoby działanie terrorystów na dany obiekt.
Przykładowo dla statku pasażerskiego duże jest ryzyko, że terroryści mogą wziąć pasażerów jako zakładników lub spowodować katastrofę statku pociągającą za sobą śmierć tysięcy osób. Terroryści mogą też użyć statku pasażerskiego jako środka transportu osób. Mniej prawdopodobne jest użycie takiego statku do transportu dużych ilości broni, materiałów wybuchowych lub rozszczepialnych. Zbiornikowce po opanowaniu mogą służyć do wywołania katastrofy ekologicznej na olbrzymią skalę. Małe statki towarowe mogą być użyte do przewozu dużych ilości materiałów lub grup terrorystycznych.
Działania ochronne Po ocenie czynników ryzyka należy opracować sposoby zmniejszenia ryzyka uznanego za duże. W tym celu część B kodeksu zaleca wprowadzenie kontroli dostępu na statek i do jego najważniejszych obszarów, kontrolę osób, bagaży, dostaw i ładunków, przeprowadzanie przeszukań statku i inne adekwatne działania.