Jej ciało cechuje się symetrią dwuboczną.
Pluteus jeżowców wedle hipotezy Asterozoa nie jest homologiczny z ofiopluteusem wężowideł, jest natomiast skutkiem ewolucji konwergentnej.
Ewolucja Szkarłupnie, grupa bliska strunowcom, pojawiły się na początku ery paleozoicznej, w kambrze. Na początku tego okresu miała miejsce intensywna radiacja, w wyniku której pojawiło się wiele nowych grup zwierząt. Ze środkowego kambru ze skał z Utah znana jest Cothurnocystis. Wzajemne relacje pomiędzy różnymi grupami szkarłupni sprawiały pewne trudności. Echinoidea tworzą klad wraz z Holothuroidea. Jego grupę siostrzaną stanowić mogą wężowidła bądź Asterozoa. Istnieje też odmienny pogląd, zgodny z podobieństwem larw echinopluteusa i ofiopluteusa, dostrzegający w jeżowcach bliskich krewnych wężowideł.
O ile same jeżowce powstały wcześnie, około pół miliarda lat temu, ostatni wspólny przodek ich dzisiejszych przedstawicieli istniał wiele później. Różnorodność współczesnych jeżowców sięga jeszcze permu.