Chwile wolne poświęca nauce i pracy nad swoimi dziełami filozoficznymi.

Nieortodoksyjne poglądy Spinozy (a konkretnie – kłótnia z teologami na temat materialności ludzkiej duszy) spowodowały oskarżenie go o herezję i wykluczenie w 1656 z gminy żydowskiej. Przyjął wtedy łacińskie imię Benedictus. Nigdy potem Spinoza nie skłonił się ku żadnej religii, przez co odciął się od innych, zachowując kontakty i utrzymując korespondencję jedynie z grupą uczonych.

Po wykluczeniu z gminy żydowskiej opuścił Amsterdam. Zamieszkał najpierw w miejscowości Rijnsburg niedaleko Lejdy. Następnie przeniósł się do miejscowości Voorburg w okolicach Hagi. Zyskał sławę już za życia dzięki streszczeniu filozofii Kartezjusza (Zasady filozofii Kartezjusza w porządku geometrycznym wywiedzione – 1663), a przede wszystkim za z 1670 r., który wzbudził wielki skandal i znalazł się w indeksie ksiąg zakazanych (1679). Na indeksie od 1679 znalazły się też wszystkie dzieła Spinozy wydane pośmiertnie.