Utworzono kolejne działy Ogrodu – Systematyki Roślin, Arboretum, Rośliny Użytkowe, Rośliny Ozdobne, Alpinarium, Rośliny Tropikalne i Subtropikalne, Flory Polski, Południowej i Południowo-Wschodniej Europy oraz dzisiaj już nieistniejące Ameryki Północnej i Azji.
23 lutego 1965 roku uznaje się za początek istnienia Ogrodu, kiedy to Senat Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej, w ramach Katedry Systematyki Roślin powołał jednostkę organizacyjną pod nazwą Ogród Botaniczny.
W 1970 roku kierownictwo Ogrodu przejął dr Kazimierz Kozak, staraniem którego teren Ogrodu został powiększony do 25 ha. W kolejnych latach trwały prace zmierzające do zakończenia pierwszego etapu organizacji i otwarcia Ogrodu dla publiczności, które miało miejsce 30 kwietnia 1974 roku.
W 1995 roku dyrektorem Ogrodu został dr inż. Maciej Kwiatkowski. Wprowadzono zmiany w sposobie ekspozycji ogrodowych z uwzględnieniem form architektury i krajobrazu, uzupełniono informację dla zwiedzających oraz dokonano szereg inwestycji i remontów zmieniających wygląd Ogrodu.
W październiku 2009 roku wichura i śnieg poczyniły dużo szkód w Ogrodzie.