W sobotnią noc 22 sierpnia 1643 roku Wirsung został zamordowany w drzwiach swojego domu sąsiadującego z Collegio Pratense, gdy jak zwykle o tej porze rozmawiał ze swoimi sąsiadami. W grupie zabójców byli doktor Jacobus Cambier, jego kuzyn Nicaise Cambier i trzeci student medycyny o nieznanej tożsamości. Wirsung został zastrzelony z muszkietu lub karabinu (łac. sclopetum). Anatom podobno wykrzyczał nazwisko Cambiera, zanim umarł z powodu znacznej utraty krwi. Morderca i jego wspólnicy rzekomo opuścili Padwę następnego dnia. Brak wiadomości o śledztwie czy też procesie; archiwa miejskie Padwy w 90% uległy zniszczeniu podczas wielkiego pożaru w roku 1737. Uważa się jednak, że powodem zabójstwa był osobisty zatarg między odkrywcą przewodu trzustkowego a Cambierem.
Wirsung został pochowany w nieoznakowanej krypcie w bazylice św. Antoniego. Nie założył rodziny, wiadomo tylko, że miał dwóch kuzynów, którzy odziedziczyli jego rękopisy i miedzioryty. Wirsung pozostawił też bibliotekę liczącą 400 książek.