W 2003 roku przeszedł do MSV Duisburga, występującego w 2. Bundeslidze. W drugim sezonie po przyjściu, pomógł swojej drużynie wywalczyć awans do ekstraklasy. W pierwszej lidze Zebry zajęły, jednak ostatnie miejsce w lidze i powróciły na zaplecze ekstraklasy.
Wtedy Van Houdt podpisał kontrakt z Sint-Truidense VV, którego barwy reprezentował już w latach 1994–1996. W sezonie 2007/2008 wraz ze swoim klubem został zdegradowany do Tweede Klasse. Karierę kończył w 2009 w RFC Liège.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1994/95 Sint-Truidense VV Eerste Klasse 30 4 1995/96 Sint-Truidense VV Eerste Klasse 31 8 1996/97 Roda JC Kerkrade Eredivisie 31 8 1997/98 Roda JC Kerkrade Eredivisie 33 4 1998/99 Roda JC Kerkrade Eredivisie 32 17 1999/00 Roda JC Kerkrade Eredivisie 26 5 2000/01 Borussia Mönchengladbach 2. Bundesliga 33 12 2001/02 Borussia Mönchengladbach Bundesliga 31 6 2002/03 Borussia Mönchengladbach Bundesliga 17 2 2003/04 Borussia Mönchengladbach Bundesliga 4 0 2003/04 MSV Duisburg 2. Bundesliga 13 1 2004/05 MSV Duisburg 2.