gdy z II ligi spadają dwa zespoły przynależące do ČFL, z ČFL spadają dwie ostatnie drużyny w tabeli każdej grupy (łącznie cztery) gdy z II ligi spada jeden zespół z ČFL i jeden z MSFL, z ČFL spada ostatnia drużyna w tabeli każdej grupy, a także przedostatnia, która zgromadziła mniej punktów niż rywal z drugiej grupy (łącznie trzy; w przypadku równej liczby punktów na koniec sezonu, o utrzymaniu decyduje lepszy bilans bramkowy) gdy z II ligi spadają dwa zespoły z MSFL, z ČFL spada ostatnia drużyna w tabeli każdej grupy (łącznie dwie)
Spadkowicze z każdej grupy ČFL trafiają do jednej z trzech dywizji czwartego szczebla rozgrywek (Dywizja A, Dywizja B lub Dywizja C) w zależności od geograficznej przynależności do okręgu (přebor).
Od sezonu 2014/2015 do końca sezonu 2020/2021, w przypadku remisu po zakończeniu regulaminowego czasu gry w ČFL rozgrywano konkurs rzutów karnych, a jego zwycięzca otrzymywał dodatkowy punkt w tabeli.
Od sezonu 2023/2024 reforma nazewnictwa ma przekształcić podział na ČFL i MSFL w jednolite rozgrywki pod wspólną nazwą 3. liga.