oddał swój paszport przyjacielowi. 18 kwietnia 1942 roku został wysłany do KZ Theresienstadt. W getcie razem z innymi lekarzami usiłował świadczyć pomoc medyczną więźniom. Opiekował się m.in. grupą niewidomych (liczyła od 150 do 445 osób), żyjących w sektorze Q319 getta (Blindenheim)Saul S. Friedman: The Terezin Diary of Gonda Redlich. University Press of Kentucky 1999 s.72. Ordynatorem kliniki w getcie, w której pracowało około 600 żydowskich lekarzy, był dr Erich Munk (1904–1944). Wtedy powstało wiele dzieł Fleischmanna, ilustrujących codzienność życia w getcie. Rysunki powstawały najczęściej przy użyciu ołówka, węgla, czarnej kredki lub tuszu indyjskiego. Większość jego prac przetrwała wojnę i zachowała się do dziś, wystawiane są m.in. w Muzeum Żydowskim w PradzeLawrence L. Langer: Art from the Ashes: A Holocaust Anthology. Oxford University Press s. 682 .

W getcie ożenił się z wieloletnią przyjaciółką Rozą Brozin chcąc uchronić ją przed wysłaniem na wschód, wykorzystując swoją wysoką pozycję w administracji medycznej getta.