Rozkazem Ministra Obrony Narodowej nr 205/Org. z 4 grudnia 1948, z dniem 1 stycznia 1949 Wojska Ochrony Pogranicza podporządkowano Ministerstwu Bezpieczeństwa Publicznego. Zaopatrzenie brygady przejęła Komenda Wojewódzka MO.
Celem usprawnienia służby przy kontroli morskiego ruchu rybackiego w brygadzie WOP w Gdańsku wprowadzono w 1949 etatowe Placówki Kontroli Ruchu Rybackiego (PKRR) o dwóch kategoriach „A” (1+15 żołnierzy) i kategorii „B” (1+7 żołnierzy). Rozwiązanie to znacznie wzmocniło ochronę granicy morskiej w sferze rybołówstwa. Jednak pomimo wprowadzenia tych rozwiązań miały miejsce w tym czasie nielegalne przekroczenia na granicy morskiej. M. in. w sierpniu 1949 kutrem „Wła - 18” uciekła z Polski jego załoga, a w październiku nieznani osobnicy uprowadzili do Szwecji również z portu we Władysławowie kuter „Wła - 49”.