Masery wodorowe mogą pracować bardzo stabilnie przez lata. Czas życia stanów wzbudzonych wynosi około jednej sekundy, co powoduje bardzo wysoką dokładność częstotliwości wyjściowej; odchylenie wynosi tylko 1 Hz, dlatego masery wodorowe są używane jako precyzyjne wzorce częstotliwości w laboratoriach i zegarach atomowych. Ich doskonała stabilność częstotliwości umożliwia weryfikację ogólnych twierdzeń teorii względności, w których decydującą rolę odgrywają niewielkie różnice czasowe. W radioastronomii masery wodorowe są używane do interferometrii, gdzie wymagane jest dokładne rejestrowanie sygnałów z odległych teleskopów. Również w ocenie pomiarów radarowych w celu określenia dryfu kontynentalnego lub astronomicznych pomiarów odległości, w których muszą być zmierzone bardzo małe różnice czasowe, niezbędne są dokładne normy czasu masera wodorowego.
Każdy satelita systemu Galileo ma 4 zegary w tym dwa oparte na pasywnych maserach wodorowych i dwa rubidowe.