Od roku 1975 był kierownikiem oddziału Etologii Człowieka (Andechs, Niemcy) w Instytucie Fizjologii Zachowania im Maxa Plancka.
W roku 1997 Towarzystwo Maxa Plancka musiało dokonać cięć budżetowych i cztery instytuty, w tym Instytut Fizjologii Zachowania, w którym pracował Eibl-Eibesfeldt, zostały wybrane w celu ich zamknięcia. Powodem tego był wiek dyrektorów instytutu (Eibl-Eibesfeldt, Wolfgang Wickler) bliski wiekowi emerytalnemu – nie było do tego żadnych przyczyn związanych z brakiem efektów w badaniach naukowych. Instytut przeznaczono do zamknięcia po przejściu dyrektorów na emeryturę co nastąpiło ostatecznie 30 listopada 1999. Część instytutu przetrwała w postaci Instytutu Ornitologii.
Był współzałożycielem i pierwszym przewodniczącym Międzynarodowego Stowarzyszenia Etologii Człowieka (International Society for Human Ethology). Od roku 1992 jest honorowym dyrektorem Instytutu Etologii Urbanistycznej im. Ludwiga Boltzmanna (Ludwig-Boltzmann-Institute for Urban Ethology) w Wiedniu.