Latem 2002 roku Javi powrócił do Villarrealu, w barwach którego po raz pierwszy wystąpił 24 listopada w zremisowanym 1:1 ligowym spotkaniu przeciwko Mallorce. W sezonie 2003/2004 Venta razem z zespołem dotarł do półfinału Pucharu UEFA, z którego "Żółte Łodzie Podwodne" zostały wyeliminowane przez Valencię. Podczas rozgrywek 2005/2006 ekipa Villarrealu dotarła natomiast do półfinału Ligi Mistrzów, z której została wyeliminowana przez Arsenal F.C. W drużynie prowadzonej przez Manuela Pellegriniego Venta w linii obrony grał najczęściej u boku takich graczy jak Gonzalo Rodríguez, Rodolfo Arruabarrena, Juan Manuel Peña oraz Juan Pablo Sorín.
Sezon 2006/2007 Villarreal zakończył w ligowej tabeli na piątym miejscu, a w kolejnych rozgrywkach zdobył wicemistrzostwo Hiszpanii. 11 maja 2008 roku Javi Venta strzelił pierwszą bramkę dla swojego klubu, a Villarreal pokonał wówczas Espanyol Barcelona 2:0. Sezon 2008/2009 Hiszpan również rozpoczął jako podstawowy gracz swojego zespołu i stworzył linię obronną razem z Gonzalo Rodríguezem, Diego Godínem oraz Joanem Capdevilą.
W 2010 roku Javi Venta przeszedł do Levante UD z Walencji.