Wykład skrytykowany został przez Karla Micheleta, który określił Zellera mianem neokantyzsty. Zeller zaliczany jest do grona wczesnych neokantystów, lub filozofów zapowiadających ten nurt.
Zeller jest znany również ze swoich prac z zakresu historii filozofii.
Dzieła Platonische Studien, 1839, Die Philosophie der Griechen. Eine Untersuchung über Charakter, Gang und Hauptmomente ihrer Entwicklung, 1844–1852, Geschichte der christlichen Kirche. Uebersichtlich dargestellt, 1848, Die Philosophie der Griechen in ihrer geschichtlichen Entwicklung, 1856–1868; Leipzig: R. Reisland 3. A. 1876–1882, Die Apostelgeschichte kritisch untersucht, 1854, Über Bedeutung und Aufgabe der Erkenntniss-Theorie. Ein akademischer Vortrag. Groos, Heidelberg 1862, Vorträge und Abhandlungen, 1865–1884; Leipzig: R. Reisland, Religion und Philosophie bei den Römern, 1866, Staat und Kirche. Vorlesungen an der Universität zu Berlin gehalten, 1873. Geschichte der deutschen Philosophie seit Leibniz (= Geschichte der Wissenschaften in Deutschland, Bd.