Pierwszy długotrwały sukces przyniosły mu Dni Muzyczne w Kassel w 1935.
Po 1933 coraz większa presja władz nazistowskich z powodu zaangażowania Distlera w muzykę kościelną doprowadziła do tego, że objął świecką posadę zostając w 1937 roku docentem na Württembergische Musikhochschule w Stuttgarcie i objął prowadzenie Esslinger Singakademie.
Distler spędził w Vaihingen koło Stuttgartu swe najszczęśliwsze lata: 1937–1940. Na Święcie Niemieckiej Muzyki Chóralnej w Grazu w 1939 Chór Stuttgarckiej Akademii Muzycznej wykonał »Mörike-Chorliederbuch« pod jego własną dyrygenturą. Następnie, w maju 1940 mianowano go profesorem w dziedzinach kompozycji i organów na Berlińskiej Akademii Muzycznej. 1 kwietnia 1942 objął dodatkowo prowadzenie Państwowego i Katedralnego Chóru Berlińskiego. Przybywające obowiązki nie pozostawiały mu wiele czasu na komponowanie. Z powodu nalotów bombowych jego rodzina została ewakuowana do Ahlbeck nad Morzem Bałtyckim, Distler został w Berlinie sam.
Naziści uznawali jego religijnie ukierunkowaną twórczość za „zdegenerowaną” i był przez nich długotrwale prześladowany. Grożąc śmiercią, zmuszono go do pójścia na front.