Po awansowaniu na pierwszy stopień oficerski nadal służył w sztabie generała Milesa aż do kapitulacji konfederackiej armii generała Roberta Lee, biorąc udział we wszystkich działaniach zbrojnych wojsk Unii. Zalinski został zwolniony ze służby ochotniczej we wrześniu 1865 roku, a następnie zarekomendowany do przyjęcia do armii regularnej, gdzie 23 lutego 1866 roku został zatwierdzony jego stopień podporucznika 5. Pułku Artylerii. W styczniu następnego roku uzyskał awans na porucznika, a 9 grudnia 1867 roku na kapitana.
Konstruktor i wynalazca Od roku 1872 do 1876 Zalinski pracował w Massachusetts Institute of Technology jako wykładowca sztuki wojennej. 1 maja 1880 roku ukończył Szkołę Artylerii Polowej w Fort Monroe, a w lipcu tego samego roku kurs minerstwa podwodnego w Nowym Jorku.
Był znany w związku z dokonanymi przezeń wynalazkami i pracami rozwojowymi w dziedzinie technologii militarnej. Jego czołowym osiągnięciem było wynalezienie i skonstruowanie pneumatycznego działa torpedowego. Wynalazł również zapalnik elektryczny i inne urządzenia do praktycznego zastosowania tegoż działa. Opracował także metodę wprowadzania dokładnych poprawek na wiatr w przyrządach celowniczych artylerii gwintowanej i broni strzeleckiej.