Kariera wojskowa Aguiyi-Ironsi wyróżniał się błyskawicznymi postępami w trakcie szkolenia wojskowego w Eaton Hall w Anglii. W czerwcu 1949 został powołany na oficera. Niedługo potem wrócił do Nigerii, gdzie objął stanowisko adiutanta generalnego gubernatora kraju, Johna Macphersona. W trakcie kryzysu kongijskiego w latach 60. XX w., sekretarz generalny ONZ, Dag Hammarskjöld, poprosił rząd nigeryjski o wysłanie sił zbrojnych do Kongo (dzisiejsze Kongo Demokratyczne). Podpułkownik Ironsi wprowadził swój 5. batalion do kongijskich prowincji Kivu oraz Leopoldville. Podległa mu jednostka odegrała istotną rolę w międzynarodowej misji stabilizacyjnej, dzięki czemu wkrótce Ironsi został mianowany dowódcą Operacji Narodów Zjednoczonych w Kongo. W 1964 powrócił do Nigerii. W tym czasie trwał proces przejmowania instytucji rządowych przez rodowitych Nigeryjczyków po uzyskaniu niepodległości od Wielkiej Brytanii w 1960. Brytyjski Naczelny Dowódca Armii Nigeryjskiej, generał Welby-Everard miał ustąpić ze najwyższego wojskowego stanowiska w kraju na rzecz nigeryjskiego oficera. Ironsi należał do grona kandydatów ubiegających się o funkcję Naczelnego Dowódcy.