W dniu 23 marca 1979 r. Goukouni zasiadł na stanowisku tymczasowego prezydenta Czadu. Został mianowany prezesem Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej (Gouvernement d'Union Nationale de Transition, GUNT). Tymczasowy rząd powołano dzięki pojednaniu pomiędzy skłóconymi frakcjami. 10 listopada 1979 r. ogłoszono ostateczny skład rządu. Prezydentem pozostał Goukouni, zwolennik zbliżenia politycznego z Libią i neutralności w kwestii zimnej wojny; posadę wiceprezydenta otrzymał Wadel Abdelkader Kamougué (umiarkowany polityk z południowego Czadu), stanowisko ministra obrony objął Hissène Habré (prozachodni polityk z północy), natomiast funkcję ministra spraw zagranicznych powierzono Acylowi Ahmatowi (zwolennikowi współpracy z Libią; pochodzenia arabskiego).
Konflikty osobiste pomiędzy członkami rządu (szczególnie pomiędzy dawnymi sojusznikami: Goukounim i Habrém) ograniczały efektywność władzy i przyczyniły się do postrzegania Goukouniego jako bezwolnej marionetki przywódcy libijskiego, Mu’ammara al-Kaddafiego. Władze Libii wysunęły nawet propozycję aneksji Czadu, która napotkała na sprzeciw ze strony wszystkich obozów ideologicznych. W ostatecznej próbie ratowania krytykowanego rządu, Goukouni mianował Djidingara Dono Ngardouma na stanowisko premiera (w dniu 19 maja 1982 roku). Niemniej jednak, 7 czerwca 1982 r.