Jego wizerunek wraz z podobizną Andresa Bonifacio został umieszczony na filipińskiej monecie o nominale 10 peso bitej w latach 2000-2017. W 2017 roku design monety uległ zmianie i na monetach o nominale 10 peso wybijanych w latach 2017-2020 znajduje się już tylko wizerunek Mabiniego. Podobizna Apolinario Mabiniego zdobi także banknot o nominale 10 peso.
Na cześć Mabiniego jego nazwiskiem nazwano cztery miasta na Filipinach w prowincjach: Batangas, Bohol, Compostela Valley oraz Pangasinan.
Imię Apolinario Mabiniego otrzymała korweta filipińskiej marynarki wojennej, BRP Apolinario Mabini (PS-36). Rząd filipiński corocznie przyznaje Nagrodę im. Apolinarego Mabiniego osobom niepełnosprawnym, które odznaczyły się szczególnymi osiągnięciami. W roku 1922 w Lipa City otwarto Akademię im. Mabiniego.
Jest on patronem odznaczenia państwowego nadawanego od 1974 za wybitne zasługi w służbie dla Filipin dokonane za granicą – Gawad Mabini.