Johnson rozpoczął sezon 2008/09 w dobrej formie grając w pierwszych trzech spotkaniach sezonu. Potem pojawił się przez prawie rok z powodu ponownego urazu brzucha. Nie wrócił przez prawie siedem miesięcy. Po raz pierwszy w sezonie 2009/10 zagrał 28 września 2009 w wygranym 3:1 meczu z West Ham United. 28 października strzelił swojego pierwszego gola od ponad roku w meczu Pucharu Ligi przeciwko Scunthorpe United. 10 grudnia 2009 Manchester City ogłosił, że Johnson doznał poważnej kontuzji kolana podczas treningu, co wykluczało go z gry do końca sezonu.
27 lipca 2011 został wypożyczony do Leicester City, trenowanego przez byłego menadżera Manchesteru City Svena-Görana Erikssona. Dla Lisów zagrał tylko w 9 spotkaniach, kiedy to w styczniu 2012 doznał kolejnej kontuzji. W styczniu 2013 poinformowano, że jego kontrakt z Manchesterem City został rozwiązany, a Johnson zakończył karierę piłkarską.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2006/07 Manchester City Premier League 10 0 2007/08 23 2 2008/09 3 0 2009/10 1 0 2010/11 0 0 2011/12 Leicester City Championship 7 0