lecz zanim tam pojechał, został wciągnięty w spór między Ludwikiem XIV a papieżem Innocentym XI. Bossuet nie chciał poprzeć papieża, bo wówczas poparłby Jezuitów, których kazuistyka nie przypadała mu do gustu. Nie chciał też zrywać z Watykanem poprzez poparcie króla, coraz bardziej przejawiającego chęci upokorzenia kościoła wobec potęgi państwa. Od 1682 roku Bossuet pracował nad kompromisem, w postaci swej pracy: Defensio Cleri Gallicani. Większość czasu spędzał w tych latach w Meaux w swojej diecezji.
Spór z protestantami W roku 1668 Bossuet nawrócił Turenne'a. W 1670 opublikował Exposition de la foi catholique (Przedstawienie wiary katolickiej), a w 1688 Histoire des variations des Églises protestantes (Dzieje zmian Kościoła protestanckiego), w której przekonywał, że bez hierarchii i organizacji Kościół zaniknie. Od 1691 do 1701 Bossuet korespondował z Leibnitzem by przekonać go do ponownego zjednoczenia protestantów z Rzymem. Leibniz uznał, że doktryna katolicka może zostać przyjęta przez nich, lecz uważał, że niemożliwe jest by religia w ogóle się nie zmieniała.