ludność Estonii stanowiły ludy ugrofińskie oraz napływające ludy bałtyckie, pokrewną pierwotnym plemionom litewskim i łotewskim oraz – prawdopodobnie – germańskim ze Skandynawii.

Korzenie ludów estońskich i fińskich, jak również pochodzenie ich języków, pozostają przedmiotem pewnych kontrowersji. W XIX wieku fiński badacz stwierdził, iż ich macierzą była środkowo-zachodnia Syberia. Później pojawiła się teoria, że starożytna ojczyzna ludów ugrofińskich usytuowana jest na terenach dzisiejszej europejskiej części Rosji, w regionie pomiędzy rzekami Wołgą i Kamą. Teoria ta uzyskała szerokie uznanie. Do lat 70. XX wieku większość lingwistów twierdziło, że Estończycy przybyli na tereny dzisiejszego swego bytowania w pierwszych wiekach naszej ery. Później teoria ta uległa drastycznej zmianie. Na podstawie odkryć archeologicznych stwierdzono, że przodkowie Finów i Estończyków przybyli na tereny obecnego bytowania wiele tysięcy lat temu, być może w wielu falach migracji.