Rufin utrzymywał z nim nadal przyjazne stosunki.

W 394 przybyły do Jerozolimy Epifaniusz, biskup Salaminy, rozpoczął kampanię przeciw orygenizmowi i biskupowi Janowi, oskarżanemu o sprzyjanie tym poglądom. Spór między dwoma hierarchami zakończył przyjaźń między Rufinem a Hieronimem, gdyż Rufin stanął po stronie Jana, Hieronim zaś - Epifaniusza. Rozgorzały spór został załagodzony po pewnym czasie.

W 397 Rufin wyjechał do Rzymu, gdzie opublikował swój łaciński przekład Apologii Orygenesa napisanej przez Pamfila oraz przekład dzieła Orygenesa Peri archon (O zasadach), z którego usunął jednak twierdzenia, o których twierdził, że były dziełem heretyków, a nie samego Orygenesa. W przedmowie do tego dzieła przedstawił Hieronima jako wielbiciela Orygenesa. Tymczasem Hieronim również przełożył na łacinę dzieło Orygenesa Peri archon, podkreślając jego błędy doktrynalne. Spór rozgorzał na nowo, głównie na płaszczyźnie literackiej;