W trakcie igrzysk nastąpił zamach terrorystyczny. 5 września grupa Palestyńczyków z organizacji „Czarny Wrzesień” wdarła się przez mur do wioski olimpijskiej około godziny 4:00, zostali zauważeni przez pracowników poczty. Pracownicy ci, widząc grupę ubraną w dresy, pomyśleli, że są to sportowcy wracający z nocnej zabawy, dlatego nie włączali alarmu. Palestyńczycy weszli do budynku zamieszkiwanego przez izraelskich sportowców, których wzięli jako zakładników, zabijając przy tym dwóch, którzy stawili opór. Terroryści domagali się uwolnienia Palestyńczyków, przetrzymywanych w Izraelu. Po nieudanej akcji policjantów w strzelaninie zostało zabitych kolejnych 9 sportowców izraelskich, 5 terrorystów oraz jeden niemiecki policjant. Kolejnych trzech terrorystów aresztowano. Spodziewano się, że igrzyska zostaną zamknięte, co jednak nie nastąpiło (Avery Brundage wyraził swoje stanowisko słowami „The games must go on” (Zawody muszą trwać dalej)).
Maskotka Po raz pierwszy na letnich igrzyskach olimpijskich została oficjalnie zaprezentowana maskotka igrzysk, był nim jamnik Waldi w kolorach: niebieski, pomarańczowy i zielony.