Po dniach czerwcowych ostro krytykował działalność generała Cavaignaka, co kosztowało go kolejną grzywnę. W 1850, po raz kolejny skazany za przekroczenie prawa prasowego, uciekł do Anglii, po czym powrócił w trzy lata później, nielegalnie. Zatrzymany, otrzymał wyrok trzech lat więzienia oraz dziesięcioletniej banicji. Przebywał w różnych więzieniach (i na wygnaniu w tym w więzieniu św. Pelagii, w Kajennie i na Wyspie Diabelskiej) do amnestii powszechnej w 1860. Dłuższy pobyt w tropikalnym klimacie poważnie osłabił stan jego zdrowia.
Po powrocie do Francji Delescluze zaangażował się w działalność francuskiej sekcji I Międzynarodówki, pisząc kolejną radykalną gazetę Le Réveil (Przebudzenie). Gazeta ta szybko stała się jednym z głównych organów prasowych opozycji antycesarskiej i ponownie zmusiła autora do ucieczki za granicę. Delescluze wrócił do Francji dopiero po upadku II Cesarstwa i został wybrany merem XIX okręgu paryskiego we wrześniu 1870. Ze stanowiska ustąpił w styczniu 1871, protestując przeciw polityce przywództwa obrony Paryża, która jego zdaniem zmierzała ku kapitulacji. W 1871 został posłem Zgromadzenia Narodowego, a po buncie ludu Paryża przeciw jego działalności wszedł do Rady Komuny Paryskiej i członkiem Komitetu Ocalenia Publicznego. Pełnił funkcje delegata ds. wojskowych oraz członka komisji ds.